游戏在战斗的设计上能够让人联想到主机平台的《火影》格斗游戏的设计，每一名角色有着独立的攻击模式，这一先决条件就使得玩家在游戏中每收集一名新角色都能够使游戏的可玩性+1。而游戏的战斗模式方面采用了手机平台最为通用的战斗操作模式，对于玩家来说游戏的上手可谓相当轻松，但是游戏中每一个角色都有着不同的攻击套路，并且可搭配的密卷技能更是能够让游戏的战斗变得更加的丰富。而每个角色的大招设定需要玩家积累4颗能量之后方可释放，当使用大招斩杀敌人时还会出现与主机《火影》相类似的回忆杀画面，可谓酷炫到极致。
游戏在主线方面以剧情副本闯关为主，一个卷轴代表着一个故事，根据动漫的剧情主线一直到最新的疾风传，完全为玩家们还原出了《火影》的经典剧情桥段，相信就算是不曾看过《火影》的玩家们也将会被游戏的剧情所吸引。游戏不只局限于玩家的单人闯关，更是增加了双人组队玩法，除了匹配其他玩家进行任务之外。玩家们还能够与好友一起创建小队，共同挑战副本以及进行2V2的乱斗。而游戏本身的单人PVP玩法，则还是采用了镜像挑战的模式，虽然比不上真人实时对战，但是也别小看了敌人的战斗力。
《火影忍者》的核心玩法基本上围绕着角色的收集而展开，除了日常的副本碎片收集之外，烧钱“十连抽”无疑是最快的收集方式，而游戏中更是有着V7、V10、V14的特权角色购买，不过这些特权购买也只限于一些特殊角色。而游戏中的角色收集程度将影响着玩家的整体战斗力，每个角色都会为队伍提升一定百分比的能力值。游戏在养成方面相比起同类手游可谓良心不少，玩家们不必再挨个的强化角色，而是采用统一的强化升级。装备、天赋、勾玉、密卷、召唤兽以及神器这些构成了游戏中所有的养成方式。以上强化将会影响到队伍的整体战斗力，不过也免去了玩家们逐个培养角色的麻烦。
